El año de 1565 en el lugar que ocupa actualmente la Iglesia de Santa Bárbara tenían su casa unos hacendados españoles, Don Lope de Céspedes y su mujer Ana de Vázquez. En una noche de tormenta, el 27 de agosto del mismo año, un rayo les quemó la casa matando a una de sus sirvientas llamada Cornelia. Como agradecimiento por haberse salvado, deciden construir sobre las cenizas de su casa un templo a la patrona de las tempestades para que proteja al Reino de Granada y a Santa Fe de Bogotá de las calamidades de la naturaleza, especialmente de los rayos.
El templo va cogiendo importancia poco a poco ya que se convirtió en un lugar de devoción de los fieles de toda la ciudad, convirtiéndose el 23 de febrero de 1585 en la segunda parroquia de la ciudad, después de la Catedral.
El arzobispo de la época, Luis Zapata de Cárdenas le encomienda los pueblos de indios Muiscas de Teusaquillo y Sisvativá al que fuera su párroco, el presbítero santafereño Gonzalo Bermúdez (1550-1625), convirtiéndose en parroquia doctrinera. Fue la primera parroquia en donde se evangelizaba a los indios en su propia lengua. Como agradecimiento al proceso catequético que culminaba con el bautismo, pintaron las paredes de toda la Iglesia con pintura mural. Hoy en día, dicha pintura del ala norte de la iglesia está descubierta, convirtiéndose en la iglesia con más pintura de este tipo de la capital colombiana.
En su interior se encuentran sepultados muchos próceres de la patria y en su pila bautismal fue bautizada una niña llamada Apolonia Salavarrieta (La Pola).
Por lo dicho anteriormente, la Iglesia de Santa Bárbara es una joya colonial y un testigo de la historia de nuestra patria que desde 1565 mantiene erguida su fachada como signo de la fe de la que ha sido testigo durante tantos años.
